Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Последовательности, для которых строилась матрица переходов:	MPLP
	MISDP

Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:	вес совпадения = 2
	вес замены = -1,
	штраф за делецию = -2

Матрица переходов (выравнивание, соответствующие оптимальному пути обозначено цветом)

Выравнивание, соответствующее оптимальному пути	MPL-P \| \| MISDP
Вес оптимального пути	0

Локальное выравнивание

Последовательности, для которых строилась матрица переходов:

MPLPDFRLI

PLRLI

Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:

вес совпадения = 2

вес замены = -1,

штраф за делецию = -2

Матрица переходов (выравнивание, соответствующие
оптимальному пути обозначено

цветом)

Выравнивания, соответствующие оптимальному пути

оптимальный путь

 MPLPDFRLI     
       |||
     PLRLI

субоптимальный путь

     
 MPLPDFRLI 
  ||
  PLRLI

Вес оптимальных путей

вес оптимального пути =6

вес субоптимального пути =4

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Далее приведены глобальные выравнивания белка LOLB_ECOLI и NEWSEQ (последовательность, состаящая из двух вырезанных частей последовательности LOLB_ECOLI) Программа (NEEDLE), которая строила эти выравнивания использовала аффинную систему штрафов. Эта система предусматривает разные штрафы за начало и за продолжение делеции.
В данном выравнивании штраф за открытие делеции был в несколько раз выше, чем за ее продолжение и мы видим, что результаты практически соответствуют, тому, как была получена последовательность NEWSEQ из последовательности LOLB_ECOLI.

Параметры, при которых было построено выравнивание:
Штраф за открытие делеции= 10
Штраф за продолжение делеции= 1,

NEWSEQ             1 MPLPDFRLIRLLQQTGQDRYRLLL                               24
                     ||||||||||||....     |:|                          
LOLB_ECOLI         1 MPLPDFRLIRLLPLAA-----LVLTACSVTTPKGPGKSPDSPQWRQHQQD     45

NEWSEQ            25                                                        24
                                                                       
LOLB_ECOLI        46 VRNLNQYQTRGAFAYISDQQKVYARFFWQQTGQDRYRLLLTNPLGSTELE     95

NEWSEQ            25                                                        24
                                                                       
LOLB_ECOLI        96 LNAQPGNVQLVDNKGQRYTADDAEEMIGKLTGMPIPLNSLRQWILGLPGD    145

NEWSEQ            25                                                        24
                                                                       
LOLB_ECOLI       146 ATDYKLDDQYRLSEITYSQNGKNWKVVYGGYDTKTQPAMPANMELTDGGQ    195

NEWSEQ            25                  24
                                 
LOLB_ECOLI       196 RIKLKMDNWIVK    207

В этом же выравнивании штрафы за открытие и за продолжение делеции были одинаковы, и получилось так, что было выгоднее сделать ннесколько коротких делеций, но как мы знаем это не соответветствует тому, как была получена последовательность NEWSEQ.

Сравнивая эти результаты, можно сказать, что в данном случае афинная система оказалась выгоднее.

Параметры, при которых было построено выравнивание:
Штраф за открытие делеции= 1
Штраф за продолжение делеции= 1,
NEWSEQ 1 0 LOLB_ECOLI 1 MPLPDFRLIRLLPLAALVLTACSVTTPKGPGKSPDSPQWRQHQQDVRNLN 50 NEWSEQ 1 MP-LPDFR-LI--RLL-QQTGQDRYRLLL 24 .. :.| : .: |.. |||||||||||| LOLB_ECOLI 51 QYQTRGAFAYISD-QQKVYARFFWQQTGQDRYRLLLTNPLGSTELELNAQ 99 NEWSEQ 25 24 LOLB_ECOLI 100 PGNVQLVDNKGQRYTADDAEEMIGKLTGMPIPLNSLRQWILGLPGDATDY 149 NEWSEQ 25 24 LOLB_ECOLI 150 KLDDQYRLSEITYSQNGKNWKVVYGGYDTKTQPAMPANMELTDGGQRIKL 199 NEWSEQ 25 24 LOLB_ECOLI 200 KMDNWIVK 207